براساس ماده 4 دستورالعمل اجرایی موضوع ماده 22 آیین نامه اجرایی قانون حمایت از شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان، معافیت‌های گمرکی (سود بازرگانی، حقوق و عوارض گمرکی) تنها شامل کالاهای غیر تجاری می‌شود. منظور از کالای تجاری کالایی است که به تشخیص گمرک ایران برای فروش وارد می گردد، اعم از این که به همان شکل یا پس از انجام عملیات (اعم از تولیدی، تفکیک و بسته بندی) به فروش برسد. به عبارت دیگر، مواد، قطعات و کالاهایی که با هدف استفاده در محصول نهایی وارد شده و به فروش می رسند، مشمول این معافیت ها نمی باشند. همچنین این معافیت ها شامل مالیات بر ارزش افزوده نمی شود.